Identifikasi Gen kekebalan dari Clam Agamaki (Sinonovacula constricta) oleh Sequencing dan bioinformatic Analisis EST

tugas uas ini mengenai jurnal aquaculture bioinformatika dalam memenuhi ujian teknologi informasi.
resume:

Fungsional Identifikasi Gen

EST ditugaskan fungsi putatif sesuai dengan GO klasifikasi. Dalam ontologi ini, 76,4% dari
unigenes diklasifikasikan menjadi tiga kategori fungsional, yaitu, "proses, biologis" komponen "seluler," dan "Molekul fungsi." Sebuah gambaran dari klasifikasi ditunjukkan pada Gambar. 5, dan daftar lengkap unigenes digunakan dalam pemetaan GO tersedia di tambahan file. Karena beberapa unigenes diklasifikasikan ke dalam lebih dari satu subkategori, jumlah unigenes untuk setiap kategori utama dapat melebihi 100%. Di antara unigenes dikategorikan sebagai komponen selular, 30,0% adalah dinotasikan sebagai "daerah ekstraseluler," dan 8,5% sebagai "sel" dan "sel bagian, "masing-masing. Sejumlah besar (43,4%) dari unigenes dalam kategori "molekul fungsi" yang terlibat dalam"Katalitik aktivitas," diikuti oleh mereka yang terlibat dalam "Mengikat" (14,7%). Dalam kategori "biologis proses", kelompok yang paling sangat terwakili adalah "fisiologis proses "dan" proses seluler, "akuntansi untuk 67,6% dan 53,9%, masing-masing. Tiga ratus dua puluh empat unigenes (8,1% dari total) ditugaskan ke jalur tertentu dengan menggunakan
KEGG (Tabel 3). Dari jumlah tersebut unigenes, 50,6% tampaknya fungsi dalam proses metabolisme dan selanjutnya dibagi menjadi empat sub kelompok utama: "energi metabolisme," "metabolisme karbohidrat," "metabolisme asam amino," dan "metabolisme lemak." Para unigenes tersisa ditugaskan ke jalur yang terkait dengan proses seluler (16,4%), manusia penyakit (15,1%), informasi genetikpengolahan (11,1%), dan informasi lingkungan pengolahan (6,8%).

Gen dengan Fungsi Potensi Pertahanan kekebalan

Empat puluh tiga menunjukkan kesamaan unigenes signifikan untuk gen diketahui terlibat dalam sistem kekebalan tubuh. Ini unigenes diklasifikasikan menjadi lima kelompok sesuai dengan fungsi prediksi (Tabel 3). Secara khusus, 20 spesies diklasifikasikan dalam kelompok "protease dan protease inhibitor" karena fungsi mungkin dalam renovasi selular
dan host pertahanan terhadap patogen, "faktor-faktor perekat" kelompok berisi lima unigenes dengan peran mungkin di bukan dirinya pengakuan, opsonisasi, atau enkapsulasi, tiga EST yang unik yang diklasifikasikan dalam kelompok "protein stres"untuk peran mereka dalam  detoksifikasi yang mungkin dipicu oleh stres. Akhirnya, "enzim lisosomal" dan "sinyal transduksi regulator "kelompok yang terkandung sepuluh dan lima EST cluster, masing-masing.

silahkan liat link dibawah ini
http://www.springerlink.com/content/p7722841g10j1183/fulltext.pdf

Bioinformatika Dalam Akuakultur

nyoook liat jurnal nya di sini
http://witarto.files.wordpress.com/2008/01/witarto-bioinformatika.pdf
Resume;

Ledakan data base/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya “Bioinformatika” karena bioinformatika adalah bidang yang relative baru masih banyak ksalah pahaman mengenai definisinya. Computer sudah lama digunakan untuk menganalisis data biologi, misalnya terhadap data- data kristalografi sinar X dan NMR ( Nuclear Magnetic Resonance), dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier dsb, bidang ini disebut sebagai biologi komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisis data-data biologis dari data base DNA, RNA maupun protein tadi, untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan  (misalnya Applied Bioinformatics) atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi bioinformatik yang menjadi official journal. Dari International Socienty For Computational Biology (ICSB)

Bioinformatika sudah menjadi bisnis besar sekarang. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data besar seperti perusahaan sekuen genom, senantiasa memerlukan bagian analisa Bioinformatika. Produk Bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa maupun Asia [18]. Berdasar jenisnya produk yang dipatenkan itu bisa dibagi menjadi tiga yaitu (1) perangkat lunak Bioinformatika, termasuk diantaranya adalah perangkat lunak pencarian database dsb dengan contoh misalnya paten no. 6,125,331 di AS berjudul “Structural alignment method making use of a double dynamic programming algorithm”, (2) metode Bioinformatika, ini menggunakan analogi metode bisnis telah dapat dipatenkan di AS seperti pada kasus pematenan Amazon.com, sebagai contoh adalah paten no. 6,125,383 di AS tentang “Research system using multi-platform object oriented program language for providing objects at runtime for creating and manipulating biological or chemical data”, terakhir (3) produk Bioinformatika itu sendiri yaitu informasi biologis hasil analisanya.

                                                        Gambar. DNA chip.

Meskipun di Indonesia  Bioinformatika  masih  belum dikenal oleh masyarakat luas    di kalangan peneliti sendiri mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangan karena keharusan.sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian ketersediaan data base dasar (DNA,protein) yang bersifat terbuka atau gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga, sudah disepakati data base genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Maka dapat digali kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/ farmasi dari sinilan Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan Bioinformatika, kerjasama antara peneliti biotekhnologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer dsb, akan sangat berperan dalam kemajuan bioinformatika di Indonesia nantinya

ANALISIS KARAKTERISTIK KONDISI FISIK LAHAN DAS DENGAN PJ DAN SIG DI DAS BENAIN-NOELMINA, NTT

Buka link di bawah ini ya untuk liat jurnalnya ^^
http://soil.faperta.ugm.ac.id/jitl/7.2%2074-79%20Harjadi.%20Analisis%20Karakteristik.pdf

Resume:

Secara umum kondisi DAS Benain  Noelmina seluas 560.035,6 ha, sebagian besar  bergelombang (34,5) dan Alluvial-Colluvial  (32,0), dan sedikit sekali pegunungan Kondisi topografi seperti diatas bepeluang terjadinya erosi, tetapi hal tersebut tergantung dari tingkat curah hujan dan tingkat intensitas pemanfaatan  lahan yang dipengaruhi tingkat kepadatan penduduk. Di NTT (Nusa Tenggara Timur) dengan agroecozone yang mewakili daerah dengan kepadatan penduduk jarang dan curah hujan yang rendah, maka intensitas pemanfaatan lahan rendah begitu juga dengan intensitas hujan juga rendah.  Sehingga erosi yang terjadi yang ada di DAS Benain Noelmina diharapkan relatif rendah. Walaupun sebagian besar topografi  bergelombang (34,5%) dan Alluvial-Colluvial  (32%), namun keadaan ini bisa mengakibatkan  kepekaan tanah terhadap erosi sangat tinggi.  Dimana faktor kepekaan tanah terhadap erosi  antara lain : tekstur kasar, struktur lepas, bahan  organik rendah dan permeabilitas rendah  sebagai penyebab terjadi erosi yang serius.  Hal  tersebut juga ditunjang dari jenis tanah Entisols  yang memiliki solum yang dangkal, yaitu dengan  erosi yang ringan saja sudah menjadi suatu  masalah yang sangat serius.

Penginderaan jauh dapat digunakan  untuk analisis perhitungan beberapa sifat fisik  antara lain arah lereng dan kemiringan lereng  dari peta SRTM (Shuttle Radar Topography Mission) atau dari interpolasi kontur menjadi  peta DEM (Digital Elevation Model). Dengan data  DEM juga dapat dianalisis topografi di suatu DAS  dan kelas kemiringan lereng masing-masing  satuan lahan.  Topografi di DAS Benain-Noelmina  sebagian besar bergelombang (34,3%) sudah  mencukupi untuk terjadi erosi berat berupa  longsor (Landslide).  Begitu juga walaupun  sebagian besar kelas kemiringan lereng datar  (<8%) namun hal ini pun sudah mencukupi erosi  besar-besaran yang menyebabkan lahan kritis  pada suatu DAS.  Karakteristik kondisi fisik suatu lahan  DAS didominasi oleh faktor topografi di suatu  wilayah dan kelas kemiringan lereng.  Dimana  DAS yang didominasi kemiringan lereng yang  curam dan topografi perbukitan atau  pegunungan maka akan berpotensi terhadap  kekritisan suatu DAS.  Parameter tersebut dari  kemiringan lereng, topografi dan ketinggian  tempat suatu wilayah dapat dihitung atau  dianalisis dengan penginderaan jauh.  Disarankan selain faktor dominan tingkat  kekritisan suatu DAS yang mencerminkan suatu DAS, perlu juga dipertimbangkan faktor-faktor  fisik lainnya, antara lain : jenis tanah, jenis  tanaman dan kondisi iklim serta pola aliran  drainase.