Minggu, 20 November 2011



 
Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.





Salah satu nya...........


Bioteknologi Perikanan                                             
Bioteknologi adalah penggunaan biokimia, mikrobiologi, dan rekayasa genetika secara terpadu, untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi kepentingan manusia. Biokimia mempelajari struktur kimiawi organisme. Rekayasa genetika adalah aplikasi genetik dengan mentransplantasi gen dari satu organisme ke organisme lain.
Ciri utama bioteknologi adalah :1) adanya benda biologi berupa mikroba, tumbuhan atau hewan; 2) adanya pendayagunaan secara teknologi dan industri; dan 3) produk yang dihasilkan adalah hasil ekstraksi dan pemurnian.

Bioteknologi telah berkembang pesat, terutama dalam bidang kedokteran, pengelolaan lingkungan, produksi pangan dan pertanian. Dalam bidang kedokteran, bioteknologi telah mengembangkan obat-obatan berbasis bioteknologi Insulin yang dihasilkan secara bioteknologi sudah terbukti dapat mengobati diabetes; hormon pertumbuhan yang diproduksi dengan menggunakan bioteknologi ternyata mampu menyembuhkan gangguan pertumbuhan serta mempercepat penyembuhan luka; juga telah berhasil dikembangkan vaksin pencegahan penyakit hepatitis B. Saat ini dapat mengatasi penyakit dengan melakukan pengubahan terhadap susunan gen-gen yang termutasi. Produksi hormon insulin untuk pengidap diabetes mellitus juga adanya pra-Implantasi Genetik Diagnosis yang memungkinkan stem cells memproduksi sel-sel yang dibutuhkan. Contohnya kasus Molly, gadis berusia 6 tahun yang merupakan anak tunggal dan orang tuanya menginginkan cara yang benar-benar aman untuk menghindarkan putrinya dari penyakit leukimia. Dengan metode ini akhirnya memacu sumsum tulang belakang untuk menghasilkan sel darah.

I. Memahami Bioteknologi
Bioteknologi juga berperan dalam pengadaan pangan. Telah berhasil dikembangkan bioaktif yang berperan dalam proses pengawetan dan pengolahan sehingga diperoleh pangan lebih banyak dan berkualitas. Telah dikembangkan bioteknologi seperti kloning (yang terkenal adalah domba Dolly), inseminasi buatan (peternakan sapi di Lembang sudah menggunakannya), fertilisasi in vitro (telah berkembang pesat dan berhasil dilakukan riset pada kelinci, mencit, sapi, babi, domba, sampai manusia), splitting (yang mampu menghasilkan anak kembar identik pada domba, sapi, babi, dan kuda, dan masih banyak lagi).
Dalam bidang pertanian, bioteknologi berhasil meningkatkan tampilan buah dan sayuran, memperpanjang masa simpan produk pangan, meningkatkan kandungan nutrisi tanaman serta tanaman yang tahan penyakit dan hama. Di masa mendatang, para ahli bioteknologi berharap mampu menghasilkan tanaman yang tahan terhadap kondisi buruk iklim seperti kering, panas tinggi ataupun dingin, sehingga menjadikan petani dapat memanfaatkan tanah yang sebelumnya jarang diusahakan. Teknik perbanyakan mikro – di mana tanaman ditumbuhkan dari satu sel atau bagian tanaman – telah dipakai di banyak rumah penyemaian tanaman untuk menghasilkan tanaman yang identik dalam waktu cepat. Modifikasi genetik pada tanaman hias membuka jalan bagi dihasilkannya warna-warna yang tidak biasa, sehingga meningkatkan nilai varietas dan komersialnya
Perkembangan bioteknologi dapat dibagi menjadi empat tahap, yaitu :
 
1) era bioteknologi generasi pertama. Bioteknologi sederhana. Penggunaan mikroba masih secara tradisional, dalam produksi dan pengawetan pangan. Contoh: pembuatan tempe, tape, cuka, dan lain-lain. Kelemahan bioteknologi generasi pertama adalah lambat, kurang terkendali, dan produk akhir tidak selalu sama;
2) era bioteknologi generasi kedua. Proses berlangsung dalam keadaan tidak steril. Contoh : a. produksi bahan kimia: aseton, asam sitrat b. pengolahan air limbah c. pembuatan kompos; 
3) era bioteknologi generasi ketiga. Proses dalam kondisi steril. Contoh: produksi antibiotik dan hormon; dan
4) era bioteknologi generasi baru = bioteknologi baru. Contoh: produksi insulin, interferon.


II. Bioteknologi Perikanan
Bioteknologi perikanan adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang perikanan sangat luas, mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen hasil perikanan. Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas media budidaya sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan.
Bioteknologi telah menciptakan ikan berkarakter genetis khas yang dihasilkan melalui rekayasa gen. Melalui rekayasa gen, dapat diciptakan ikan yang tumbuh cepat, warnanya menarik, dagingnya tebal, tahan penyakit dan sebagainya.
Pada tahap pascapanen hasil perikanan, bioteknologi mampu mengubah ikan melalui proses transformasi biologi hingga dihasilkan produk yang bermanfaat bagi kelangsungan hidup manusia. Sudah sejak abad 11, manusia sebetulnya menggunakan prinsip dasar ini. Pembuatan pangan seperti peda, kecap ikan, terasi ikan merupakan hasil bioteknologi.
Ketahanan pangan merupakan isu global yang sekarang sedang ramai dibicarakan


Pada tahun 1995, produk hasil perikanan dunia sudah mendekati 120 juta ton per tahun (FAO, 1997). Dari produksi tersebut, 20 persennya berasal dari hasil budidaya Sementara produk perikanan Negara Indonesia telah mencapai 6.5 juta ton atau sekitar 5 persen 




Bioteknologi pengolahan hasil perikanan (BPHP) merupakan cabang dari bioteknologi pangan yang sudah lama diterapkan oleh masyarakat Indonesia untuk mengolah hasil perikanan. Beberapa produk yang telah dihasilkan masyarakat melalui penerapan bioteknologi antara lain peda, kecap ikan, bekasem, bekasang, terasi dan silase. Meskipun mereka tidak memahami prinsip ilmiah yang mendasarinya, para pengolah ikan telah memanfaatkan bioteknologi selama berabad-abad untuk membuat pangan berbahan baku ikan.
Secara garis besarnya BPHP adalah salah satu teknologi untuk mengolah hasil perikanan menggunakan jasa mahluk hidup, yaitu mikroba. Salah satu sifat mikroba yang menjadi dasar penggunaan BPHP adalah kemampuannya merombak senyawa kompleks menjadi senyawa lebih sederhana, sehingga dihasilkan pangan berbentuk padat, semi padat dan cair.
Mikroba memiliki kemampuan merombak senyawa kompleks (protein, lemak dan karbohidrat) menjadi senyawa lebih sederhana (asam amino, asam lemak dan glukosa). Perombakan demikian telah merombak hasil perikanan menjadi pangan yang aman dikonsumsi manusia. Apabila tidak segera dihentikan, mikroba akan merombak senyawa sederhana tersebut menjadi ammonia, hidrogen sulfida, keton dan alkohol. Perubahan tersebut menjadikan pangan tersebut tidak layak lagi dikonsumsi.


 Referensi
1.      ^ a b c Merck. Biotechnology Institute. 2005. What is biotechnology??. http://www.biotechinstitute.org/what_is/. Diakses pada 25 April 2010.
2.      ^ a b c d e f Smith JE. 2004. Biotechnology; Studies in Biology. Ed ke-4. Cambridge: Inggris.
3.      ^ Peters P. 1993. Biotechnology: A Guide To Genetic Engineering. Wm C Brown: AS.
4.      ^ a b Clark DP, Pazdernik NJ. 2009. Biotechnology; Applying the Genetic Revolution. Elsevier: China.
5.      ^ a b Chirikjian JG. 1995. Plant Biotechnology, Animal Cel Culture, Immunobiotechnology. Vol 1. Jones and Bartlett Publishers: London.
6.      ^ Scott Michon. 2010. Timeline. http://www.strangescience.net/timeline.htm. Diakses pada 12 Mei 2010.
7.      ^ Gregor Madel: Plants. 2008. http://www.lycos.com/info/gregor-mendel--plants.html. Diakses pada 12 Mei 2010.
8.      ^ Encyclopedia, Timeline of Scientific Discoveries. http://www.statemaster.com/encyclopedia/Timeline-of-scientific-discoveries#BC. Diakses pada 12 Mei 2010.
9.      ^ Koivisto VA, Soman V, Conrad P, Hendler R, Nadel E. Insulin binding to monocytes in trained athletes. J Clin Invest 65:1011-15.
10.  ^ a b c d e f g h DaSilva EJ. 2004. The colours of biotechnology: Science, Development and Humankind. Electron. J Biotechnol 7:3 .
11.  ^ Madhavan G, Oakley B, Kun L. 2008. Career Development in Bioengineering and Biotechnology. New York: Springer+Business media, LLC.
12.  ^ a b c Thieman WJ, Palladino MA. 2004. Introduction to Biotechnology San Francisco: Pearson Education Inc.


Sabtu, 12 November 2011

Pengertian NCBI (National Center Of Bioteknology Information

 
 
Peran database NCBI bisa mendukung penelitian
NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik,merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.


 
1. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah VAST
VAST ( Short  For Vektor  Aligment Search Tool ) adalah algoritma komputer yang dikembangkan di ncbi dan di gunakan untuk mengidentifikasi stuktur dimansinal protein 3 yang mirip dengan kteria geovetrik yang murni dan untuk mengidentifikasi jarak humolof yang tidak dapat di kenali oleh perbandingan sukuen.




2. Mengidentifikasi data penelitian melalui NCBI
vast di aplikasikan pada setiap protein di dalam MMDB ( Molecular Modeling Database) Selama proses data MMDB dalam rangka untuk mengidentifikasi stuktur 3 dimensi yang mirirp data mentah di akses dari halaman ringkasan stuktur  untuk mengambil data mereka anda juga dapat melihat penjelasan show grafik untuk setiap molekul protein yang menarik. Pada halaman ringkasan stuktur, klik pada bar grafik untuk molekul protein secara keseluruhan atau untuk setiap dominan yang berisi 3D dalam rangka melihat daftar stuktur yang mirip dalam bentuk molekul vast yang memberikan data tambahan. Kemudian Ikuti link untuk stuktur  serupa yang terletak pada sudut kanan atas halaman ringkasan stuktur tersebut berfungsi  untuk membuka daftar tabel dari molekul protein dan dominan 3D didalam stuktur .

     jika telah memiliki stuktur protein di MMDB . maka kita sudah dapat menggunakan layanan canVAST yang berfungsi  menyediakan informasi tambahan tentang penggunaan halaman pencarian VAST  serta dapat menggunakan stuktur program dan bebas melihat CN3D.