Bioinformatika Dalam Akuakultur

nyoook liat jurnal nya di sini
http://witarto.files.wordpress.com/2008/01/witarto-bioinformatika.pdf
Resume;

Ledakan data base/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya “Bioinformatika” karena bioinformatika adalah bidang yang relative baru masih banyak ksalah pahaman mengenai definisinya. Computer sudah lama digunakan untuk menganalisis data biologi, misalnya terhadap data- data kristalografi sinar X dan NMR ( Nuclear Magnetic Resonance), dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier dsb, bidang ini disebut sebagai biologi komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisis data-data biologis dari data base DNA, RNA maupun protein tadi, untuk mewadahinya beberapa jurnal baru bermunculan  (misalnya Applied Bioinformatics) atau berubah nama seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi bioinformatik yang menjadi official journal. Dari International Socienty For Computational Biology (ICSB)

Bioinformatika sudah menjadi bisnis besar sekarang. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data besar seperti perusahaan sekuen genom, senantiasa memerlukan bagian analisa Bioinformatika. Produk Bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa maupun Asia [18]. Berdasar jenisnya produk yang dipatenkan itu bisa dibagi menjadi tiga yaitu (1) perangkat lunak Bioinformatika, termasuk diantaranya adalah perangkat lunak pencarian database dsb dengan contoh misalnya paten no. 6,125,331 di AS berjudul “Structural alignment method making use of a double dynamic programming algorithm”, (2) metode Bioinformatika, ini menggunakan analogi metode bisnis telah dapat dipatenkan di AS seperti pada kasus pematenan Amazon.com, sebagai contoh adalah paten no. 6,125,383 di AS tentang “Research system using multi-platform object oriented program language for providing objects at runtime for creating and manipulating biological or chemical data”, terakhir (3) produk Bioinformatika itu sendiri yaitu informasi biologis hasil analisanya.

                                                        Gambar. DNA chip.

Meskipun di Indonesia  Bioinformatika  masih  belum dikenal oleh masyarakat luas    di kalangan peneliti sendiri mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti perkembangan karena keharusan.sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat perhatian ketersediaan data base dasar (DNA,protein) yang bersifat terbuka atau gratis merupakan peluang besar untuk menggali informasi berharga, sudah disepakati data base genom manusia misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Maka dapat digali kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran/ farmasi dari sinilan Indonesia dapat ikut berperan mengembangkan Bioinformatika, kerjasama antara peneliti biotekhnologi yang memahami makna biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti programmer dsb, akan sangat berperan dalam kemajuan bioinformatika di Indonesia nantinya

ANALISIS KARAKTERISTIK KONDISI FISIK LAHAN DAS DENGAN PJ DAN SIG DI DAS BENAIN-NOELMINA, NTT

Buka link di bawah ini ya untuk liat jurnalnya ^^
http://soil.faperta.ugm.ac.id/jitl/7.2%2074-79%20Harjadi.%20Analisis%20Karakteristik.pdf

Resume:

Secara umum kondisi DAS Benain  Noelmina seluas 560.035,6 ha, sebagian besar  bergelombang (34,5) dan Alluvial-Colluvial  (32,0), dan sedikit sekali pegunungan Kondisi topografi seperti diatas bepeluang terjadinya erosi, tetapi hal tersebut tergantung dari tingkat curah hujan dan tingkat intensitas pemanfaatan  lahan yang dipengaruhi tingkat kepadatan penduduk. Di NTT (Nusa Tenggara Timur) dengan agroecozone yang mewakili daerah dengan kepadatan penduduk jarang dan curah hujan yang rendah, maka intensitas pemanfaatan lahan rendah begitu juga dengan intensitas hujan juga rendah.  Sehingga erosi yang terjadi yang ada di DAS Benain Noelmina diharapkan relatif rendah. Walaupun sebagian besar topografi  bergelombang (34,5%) dan Alluvial-Colluvial  (32%), namun keadaan ini bisa mengakibatkan  kepekaan tanah terhadap erosi sangat tinggi.  Dimana faktor kepekaan tanah terhadap erosi  antara lain : tekstur kasar, struktur lepas, bahan  organik rendah dan permeabilitas rendah  sebagai penyebab terjadi erosi yang serius.  Hal  tersebut juga ditunjang dari jenis tanah Entisols  yang memiliki solum yang dangkal, yaitu dengan  erosi yang ringan saja sudah menjadi suatu  masalah yang sangat serius.

Penginderaan jauh dapat digunakan  untuk analisis perhitungan beberapa sifat fisik  antara lain arah lereng dan kemiringan lereng  dari peta SRTM (Shuttle Radar Topography Mission) atau dari interpolasi kontur menjadi  peta DEM (Digital Elevation Model). Dengan data  DEM juga dapat dianalisis topografi di suatu DAS  dan kelas kemiringan lereng masing-masing  satuan lahan.  Topografi di DAS Benain-Noelmina  sebagian besar bergelombang (34,3%) sudah  mencukupi untuk terjadi erosi berat berupa  longsor (Landslide).  Begitu juga walaupun  sebagian besar kelas kemiringan lereng datar  (<8%) namun hal ini pun sudah mencukupi erosi  besar-besaran yang menyebabkan lahan kritis  pada suatu DAS.  Karakteristik kondisi fisik suatu lahan  DAS didominasi oleh faktor topografi di suatu  wilayah dan kelas kemiringan lereng.  Dimana  DAS yang didominasi kemiringan lereng yang  curam dan topografi perbukitan atau  pegunungan maka akan berpotensi terhadap  kekritisan suatu DAS.  Parameter tersebut dari  kemiringan lereng, topografi dan ketinggian  tempat suatu wilayah dapat dihitung atau  dianalisis dengan penginderaan jauh.  Disarankan selain faktor dominan tingkat  kekritisan suatu DAS yang mencerminkan suatu DAS, perlu juga dipertimbangkan faktor-faktor  fisik lainnya, antara lain : jenis tanah, jenis  tanaman dan kondisi iklim serta pola aliran  drainase.

 

Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

Salah satu nya...........

Bioteknologi Perikanan                                             

Bioteknologi adalah penggunaan biokimia, mikrobiologi, dan rekayasa genetika secara terpadu, untuk menghasilkan barang atau lainnya bagi kepentingan manusia. Biokimia mempelajari struktur kimiawi organisme. Rekayasa genetika adalah aplikasi genetik dengan mentransplantasi gen dari satu organisme ke organisme lain.
Ciri utama bioteknologi adalah :1) adanya benda biologi berupa mikroba, tumbuhan atau hewan; 2) adanya pendayagunaan secara teknologi dan industri; dan 3) produk yang dihasilkan adalah hasil ekstraksi dan pemurnian.

Bioteknologi telah berkembang pesat, terutama dalam bidang kedokteran, pengelolaan lingkungan, produksi pangan dan pertanian. Dalam bidang kedokteran, bioteknologi telah mengembangkan obat-obatan berbasis bioteknologi Insulin yang dihasilkan secara bioteknologi sudah terbukti dapat mengobati diabetes; hormon pertumbuhan yang diproduksi dengan menggunakan bioteknologi ternyata mampu menyembuhkan gangguan pertumbuhan serta mempercepat penyembuhan luka; juga telah berhasil dikembangkan vaksin pencegahan penyakit hepatitis B. Saat ini dapat mengatasi penyakit dengan melakukan pengubahan terhadap susunan gen-gen yang termutasi. Produksi hormon insulin untuk pengidap diabetes mellitus juga adanya pra-Implantasi Genetik Diagnosis yang memungkinkan stem cells memproduksi sel-sel yang dibutuhkan. Contohnya kasus Molly, gadis berusia 6 tahun yang merupakan anak tunggal dan orang tuanya menginginkan cara yang benar-benar aman untuk menghindarkan putrinya dari penyakit leukimia. Dengan metode ini akhirnya memacu sumsum tulang belakang untuk menghasilkan sel darah.

I. Memahami Bioteknologi
Bioteknologi juga berperan dalam pengadaan pangan. Telah berhasil dikembangkan bioaktif yang berperan dalam proses pengawetan dan pengolahan sehingga diperoleh pangan lebih banyak dan berkualitas. Telah dikembangkan bioteknologi seperti kloning (yang terkenal adalah domba Dolly), inseminasi buatan (peternakan sapi di Lembang sudah menggunakannya), fertilisasi in vitro (telah berkembang pesat dan berhasil dilakukan riset pada kelinci, mencit, sapi, babi, domba, sampai manusia), splitting (yang mampu menghasilkan anak kembar identik pada domba, sapi, babi, dan kuda, dan masih banyak lagi).
Dalam bidang pertanian, bioteknologi berhasil meningkatkan tampilan buah dan sayuran, memperpanjang masa simpan produk pangan, meningkatkan kandungan nutrisi tanaman serta tanaman yang tahan penyakit dan hama. Di masa mendatang, para ahli bioteknologi berharap mampu menghasilkan tanaman yang tahan terhadap kondisi buruk iklim seperti kering, panas tinggi ataupun dingin, sehingga menjadikan petani dapat memanfaatkan tanah yang sebelumnya jarang diusahakan. Teknik perbanyakan mikro – di mana tanaman ditumbuhkan dari satu sel atau bagian tanaman – telah dipakai di banyak rumah penyemaian tanaman untuk menghasilkan tanaman yang identik dalam waktu cepat. Modifikasi genetik pada tanaman hias membuka jalan bagi dihasilkannya warna-warna yang tidak biasa, sehingga meningkatkan nilai varietas dan komersialnya
Perkembangan bioteknologi dapat dibagi menjadi empat tahap, yaitu :
 

1) era bioteknologi generasi pertama. Bioteknologi sederhana. Penggunaan mikroba masih secara tradisional, dalam produksi dan pengawetan pangan. Contoh: pembuatan tempe, tape, cuka, dan lain-lain. Kelemahan bioteknologi generasi pertama adalah lambat, kurang terkendali, dan produk akhir tidak selalu sama;

2) era bioteknologi generasi kedua. Proses berlangsung dalam keadaan tidak steril. Contoh : a. produksi bahan kimia: aseton, asam sitrat b. pengolahan air limbah c. pembuatan kompos; 

3) era bioteknologi generasi ketiga. Proses dalam kondisi steril. Contoh: produksi antibiotik dan hormon; dan

4) era bioteknologi generasi baru = bioteknologi baru. Contoh: produksi insulin, interferon.

II. Bioteknologi Perikanan
Bioteknologi perikanan adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang perikanan sangat luas, mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen hasil perikanan. Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas media budidaya sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan.
Bioteknologi telah menciptakan ikan berkarakter genetis khas yang dihasilkan melalui rekayasa gen. Melalui rekayasa gen, dapat diciptakan ikan yang tumbuh cepat, warnanya menarik, dagingnya tebal, tahan penyakit dan sebagainya.
Pada tahap pascapanen hasil perikanan, bioteknologi mampu mengubah ikan melalui proses transformasi biologi hingga dihasilkan produk yang bermanfaat bagi kelangsungan hidup manusia. Sudah sejak abad 11, manusia sebetulnya menggunakan prinsip dasar ini. Pembuatan pangan seperti peda, kecap ikan, terasi ikan merupakan hasil bioteknologi.
Ketahanan pangan merupakan isu global yang sekarang sedang ramai dibicarakan

Sumber : http://sitaro.wordpress.com/2008/10/14/perkembangan-populasi-penduduk-dunia-oktober-2008/

Pada tahun 1995, produk hasil perikanan dunia sudah mendekati 120 juta ton per tahun (FAO, 1997). Dari produksi tersebut, 20 persennya berasal dari hasil budidaya Sementara produk perikanan Negara Indonesia telah mencapai 6.5 juta ton atau sekitar 5 persen 

Sumber : Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO), The State of World Fisheries
and Aquaculture, 1996 (FAO, Rom

Bioteknologi pengolahan hasil perikanan (BPHP) merupakan cabang dari bioteknologi pangan yang sudah lama diterapkan oleh masyarakat Indonesia untuk mengolah hasil perikanan. Beberapa produk yang telah dihasilkan masyarakat melalui penerapan bioteknologi antara lain peda, kecap ikan, bekasem, bekasang, terasi dan silase. Meskipun mereka tidak memahami prinsip ilmiah yang mendasarinya, para pengolah ikan telah memanfaatkan bioteknologi selama berabad-abad untuk membuat pangan berbahan baku ikan.
Secara garis besarnya BPHP adalah salah satu teknologi untuk mengolah hasil perikanan menggunakan jasa mahluk hidup, yaitu mikroba. Salah satu sifat mikroba yang menjadi dasar penggunaan BPHP adalah kemampuannya merombak senyawa kompleks menjadi senyawa lebih sederhana, sehingga dihasilkan pangan berbentuk padat, semi padat dan cair.
Mikroba memiliki kemampuan merombak senyawa kompleks (protein, lemak dan karbohidrat) menjadi senyawa lebih sederhana (asam amino, asam lemak dan glukosa). Perombakan demikian telah merombak hasil perikanan menjadi pangan yang aman dikonsumsi manusia. Apabila tidak segera dihentikan, mikroba akan merombak senyawa sederhana tersebut menjadi ammonia, hidrogen sulfida, keton dan alkohol. Perubahan tersebut menjadikan pangan tersebut tidak layak lagi dikonsumsi.

 Referensi

1.      ^ ^{a b c} Merck. Biotechnology Institute. 2005. What is biotechnology??. http://www.biotechinstitute.org/what_is/. Diakses pada 25 April 2010.

2.      ^ ^{a b c d e f} Smith JE. 2004. Biotechnology; Studies in Biology. Ed ke-4. Cambridge: Inggris.

3.      ^ Peters P. 1993. Biotechnology: A Guide To Genetic Engineering. Wm C Brown: AS.

4.      ^ ^{a b} Clark DP, Pazdernik NJ. 2009. Biotechnology; Applying the Genetic Revolution. Elsevier: China.

5.      ^ ^{a b} Chirikjian JG. 1995. Plant Biotechnology, Animal Cel Culture, Immunobiotechnology. Vol 1. Jones and Bartlett Publishers: London.

6.      ^ Scott Michon. 2010. Timeline. http://www.strangescience.net/timeline.htm. Diakses pada 12 Mei 2010.

7.      ^ Gregor Madel: Plants. 2008. http://www.lycos.com/info/gregor-mendel--plants.html. Diakses pada 12 Mei 2010.

8.      ^ Encyclopedia, Timeline of Scientific Discoveries. http://www.statemaster.com/encyclopedia/Timeline-of-scientific-discoveries#BC. Diakses pada 12 Mei 2010.

9.      ^ Koivisto VA, Soman V, Conrad P, Hendler R, Nadel E. Insulin binding to monocytes in trained athletes. J Clin Invest 65:1011-15.

10.  ^ ^{a b c d e f g h} DaSilva EJ. 2004. The colours of biotechnology: Science, Development and Humankind. Electron. J Biotechnol 7:3 .

11.  ^ Madhavan G, Oakley B, Kun L. 2008. Career Development in Bioengineering and Biotechnology. New York: Springer+Business media, LLC.

12.  ^ ^{a b c} Thieman WJ, Palladino MA. 2004. Introduction to Biotechnology San Francisco: Pearson Education Inc.

Pengertian NCBI (National Center Of Bioteknology Information

Pengertian NCBI (National Center Of Bioteknology Information

 

 

Peran database NCBI bisa mendukung penelitian

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik,merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.


 
1. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah VAST
VAST ( Short  For Vektor  Aligment Search Tool ) adalah algoritma komputer yang dikembangkan di ncbi dan di gunakan untuk mengidentifikasi stuktur dimansinal protein 3 yang mirip dengan kteria geovetrik yang murni dan untuk mengidentifikasi jarak humolof yang tidak dapat di kenali oleh perbandingan sukuen.




2. Mengidentifikasi data penelitian melalui NCBI
vast di aplikasikan pada setiap protein di dalam MMDB ( Molecular Modeling Database) Selama proses data MMDB dalam rangka untuk mengidentifikasi stuktur 3 dimensi yang mirirp data mentah di akses dari halaman ringkasan stuktur  untuk mengambil data mereka anda juga dapat melihat penjelasan show grafik untuk setiap molekul protein yang menarik. Pada halaman ringkasan stuktur, klik pada bar grafik untuk molekul protein secara keseluruhan atau untuk setiap dominan yang berisi 3D dalam rangka melihat daftar stuktur yang mirip dalam bentuk molekul vast yang memberikan data tambahan. Kemudian Ikuti link untuk stuktur  serupa yang terletak pada sudut kanan atas halaman ringkasan stuktur tersebut berfungsi  untuk membuka daftar tabel dari molekul protein dan dominan 3D didalam stuktur .

     jika telah memiliki stuktur protein di MMDB . maka kita sudah dapat menggunakan layanan canVAST yang berfungsi  menyediakan informasi tambahan tentang penggunaan halaman pencarian VAST  serta dapat menggunakan stuktur program dan bebas melihat CN3D.


Diposkan oleh Putri noviana aquacultur