Identifikasi Gen kekebalan dari Clam Agamaki (Sinonovacula constricta) oleh Sequencing dan bioinformatic Analisis EST

tugas uas ini mengenai jurnal aquaculture bioinformatika dalam memenuhi ujian teknologi informasi.
resume:

Fungsional Identifikasi Gen

EST ditugaskan fungsi putatif sesuai dengan GO klasifikasi. Dalam ontologi ini, 76,4% dari
unigenes diklasifikasikan menjadi tiga kategori fungsional, yaitu, "proses, biologis" komponen "seluler," dan "Molekul fungsi." Sebuah gambaran dari klasifikasi ditunjukkan pada Gambar. 5, dan daftar lengkap unigenes digunakan dalam pemetaan GO tersedia di tambahan file. Karena beberapa unigenes diklasifikasikan ke dalam lebih dari satu subkategori, jumlah unigenes untuk setiap kategori utama dapat melebihi 100%. Di antara unigenes dikategorikan sebagai komponen selular, 30,0% adalah dinotasikan sebagai "daerah ekstraseluler," dan 8,5% sebagai "sel" dan "sel bagian, "masing-masing. Sejumlah besar (43,4%) dari unigenes dalam kategori "molekul fungsi" yang terlibat dalam"Katalitik aktivitas," diikuti oleh mereka yang terlibat dalam "Mengikat" (14,7%). Dalam kategori "biologis proses", kelompok yang paling sangat terwakili adalah "fisiologis proses "dan" proses seluler, "akuntansi untuk 67,6% dan 53,9%, masing-masing. Tiga ratus dua puluh empat unigenes (8,1% dari total) ditugaskan ke jalur tertentu dengan menggunakan
KEGG (Tabel 3). Dari jumlah tersebut unigenes, 50,6% tampaknya fungsi dalam proses metabolisme dan selanjutnya dibagi menjadi empat sub kelompok utama: "energi metabolisme," "metabolisme karbohidrat," "metabolisme asam amino," dan "metabolisme lemak." Para unigenes tersisa ditugaskan ke jalur yang terkait dengan proses seluler (16,4%), manusia penyakit (15,1%), informasi genetikpengolahan (11,1%), dan informasi lingkungan pengolahan (6,8%).

Gen dengan Fungsi Potensi Pertahanan kekebalan

Empat puluh tiga menunjukkan kesamaan unigenes signifikan untuk gen diketahui terlibat dalam sistem kekebalan tubuh. Ini unigenes diklasifikasikan menjadi lima kelompok sesuai dengan fungsi prediksi (Tabel 3). Secara khusus, 20 spesies diklasifikasikan dalam kelompok "protease dan protease inhibitor" karena fungsi mungkin dalam renovasi selular
dan host pertahanan terhadap patogen, "faktor-faktor perekat" kelompok berisi lima unigenes dengan peran mungkin di bukan dirinya pengakuan, opsonisasi, atau enkapsulasi, tiga EST yang unik yang diklasifikasikan dalam kelompok "protein stres"untuk peran mereka dalam  detoksifikasi yang mungkin dipicu oleh stres. Akhirnya, "enzim lisosomal" dan "sinyal transduksi regulator "kelompok yang terkandung sepuluh dan lima EST cluster, masing-masing.

silahkan liat link dibawah ini
http://www.springerlink.com/content/p7722841g10j1183/fulltext.pdf